إضافة إلى اعتماد البرامج تقدم المنظمة العربية خدمة اعتماد المؤسسات. وتشمل عملية اعتماد المؤسسات مراجعة مؤسسات تعليمية بأكملها. ولا تكتفي عملية اعتماد المؤسسات بتقييم برامج الشهادة الجامعية وحسب، بل تتعداها لتشمل كافة النشاطات والوحدات الفرعية للمؤسسة، بما في ذلك البحوث وعلاقة المؤسسة مع قطاعات المجتمع. لذلك يتعين على المؤسسات أن تلتزم بمستوى عالٍ من الجودة العامة في كافة جوانب أنشطتها. ويمنح اعتماد المؤسسات للمؤسسات التعليمية التي تبدي التزامها بالجودة والتحسين المستمر طبقا لمراجعة وتقييم النظراء الدقيقة والشاملة. إن الاعتماد الممنوح من قبل  المنظمة العربية لضمان الجودة في التعليم يضمن امتلاك مؤسسات التعليم العالي للمميزات العامة الآتية:

  •  مناهج معاصرة وعملية ومطابقة للمعايير الدولية
  •  عمليات تعليم وتعلم على مستوى عالي من التميز
  •  خريجون حققوا أهداف تعلم محددة
  •  توفر الموارد اللازمة لتحقيق الغايات الموضوعة ويتم استخدامها للأغراض المحددة لها